\documentclass[twoside]{ctuthesis}

\input{document_config} % import balíků a nastavení ctuthesis

% --- obsah zvláštních oddílů ---

\input{sec_abstract}
\input{sec_thanks}
\input{sec_declaration}

\addbibresource{thesis.bib}

% --- vlastní dokument ---

\begin{document}

\maketitle % titulní strana a automatické oddíly

\input{ch.introduction}
\input{ch.requirements}
\input{ch.existing_solutions}
\input{ch.usb}

\appendix % začátek příloh

% seznam bibliografie
\printbibliography

% ... appendices

\end{document}